Éstas serán dos largas Rutas llenas de entrenadores, que van desde el oeste de Ciudad Iris hasta Ciudad Olivo. Los entrenadores se encuentran por toda la zona, al igual que varios objetos que hay escondidos entre la hierba de la Ruta 38. Cuando pases la zona de hierba, llegarás a la Ruta 39.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Ornitólogo	Doduo Nv.16	Doduo Nv.17	Doduo Nv.18
Marinero	Wooper Nv.20
Chica	Mareep Nv.19	Psyduck Nv.19
Bella	Hoppip Nv.18	Skiploom Nv.18
Colegial	Mr. Mime Nv.20

Ruta 38
Rattata Nv. 16	Raticate Nv. 16	Meowth Nv. 16	Magnemite Nv. 16
Farfetch'd Nv. 16	Tauros Nv. 13	Snubbull Nv. 13	Miltank Nv. 13

Ruta 39
Rattata Nv. 16	Raticate Nv. 17	Meowth Nv. 16	Magnemite Nv. 16	Farfetch'd Nv. 16	Tauros Nv. 15	Miltank Nv. 15

Al llegar a la Ruta 39, verás una granja a tu izquierda, conocida como la Granja Moo Moo. No es necesario pasar por ella, así que sigue hacia el sur, para enfrentarte a los últimos entrenadores. Tras derrotarlos, llegarás directamente a Ciudad Olivo.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Medium	Slowpoke Nv.17	Slowpoke Nv.20
Marinero	Poliwhirl Nv.17	Krabby Nv.19	Raticate Nv.17
Pokéfan	Pikachu Nv.18
Pokéfan	Pikachu Nv.17

Al llegar a Ciudad Olivo, observarás a tu Rival delante del Gimnasio, que te dirá que la Líder se ha ido al faro porque su Pokémon está enfermo. Ahora, cura a tus Pokémon y dirígete al faro que hay al sureste de la ciudad. El faro tiene varios pisos llenos de entrenadores, que te servirán para subir de nivel a tu equipo, además de obtener algunos objetos interesantes que hay en los distintos pisos. En el piso más alto, podrás observar a Yasmina con el Pokémon Ampharos.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon	5º Pokémon
Caballero	Noctowl Nv.22
Marinero	Poliwag Nv.18	Poliwhirl Nv.20
Ornitólogo	Pidgey Nv.17	Pidgey Nv.15	Pidgey Nv.19	Pidgey Nv.15	Pidgey Nv.15
Caballero	Growlithe Nv.18	Growlithe Nv.18
Chica	Marill Nv.21

Para llegar caminando hasta Yasmina, será necesario que saltes por la parte derecha de uno de los pisos altos del Faro, pues es la única forma de coger el camino correcto. Una vez llegues hasta Yasmina, te dirá que necesita la Poción Secreta que se consigue en Ciudad Orquídea. Ahora, sal del Faro y sal por el oeste de Ciudad Olivo. Puedes también obtener la Caña Buena en una de las casas de la ciudad. Asegúrate de haber enseñado Surf a uno de tus Pokémon, porque lo necesitarás para llegar a Ciudad Orquídea.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Marinero	Krabby Nv.18	Krabby Nv.20
Ornitólogo	Spearow Nv.18	Fearow Nv.20	Spearow Nv.18
Marinero	Poliwhirl Nv.20
Marinero	Machop Nv.18	Machop Nv.18	Poliwhirl Nv.18

Ciudad Olivo
Tentacool Nv. 10/25	Tentacruel Nv. 15/25	Krabby Nv. 10/40	Kingler Nv. 40	Magikarp Nv. 10/20	Corsola Nv. 20/40

Éstan serán las dos primeras rutas marinas que visites en el juego. Para llegar a ellas, sal por el oeste de Ciudad Olivo y usa la MO Surf para ponerte sobre el agua. Ahora, sigue el camino por el mar. La Ruta 40 es más corta que la Ruta 41, pues sólo tiene a cuatro entrenadores, aunque en ella puedes conseguir la MT88 Picoteo, en el terreno que aparece en la segunda imagen. Una vez hayas derrotado a todos los entrenadores, llegarás enseguida a la Ruta 41.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Nadador	Tentacool Nv.20	Tentacool Nv.20
Nadadora	Staryu Nv.21
Nadador	Shellder Nv.18	Shellder Nv.18	Wartortle Nv.20
Nadadora	Staryu Nv.19	Shellder Nv.19

Ruta 40
Tentacool Nv. 10/25	Tentacruel Nv. 15/25	Krabby Nv. 10/40	Kingler Nv. 40	Magikarp Nv. 10/20	Corsola Nv. 20/40

A diferencia de la anterior, la Ruta 41 no tiene ningún objeto por conseguir, aunque rodea a cuatro islas, las Islas Remolino, a las que sólo podremos acceder cuando tengamos la MO Torbellino y más medallas. En esta Ruta tendremos un total de 10 entrenadores, así que se hará más larga. Una vez los hayas derrotado a todos, sigue a la izquierda y llegarás a Ciudad Orquídea.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon	4º Pokémon	5º Pokémon	6º Pokémon
Nadador	Tentacool Nv.16	Tentacool Nv.16	Tentacool Nv.17	Tentacool Nv.17	Remoraid Nv.19	Staryu Nv.19
Nadador	Shellder Nv.21	Tentacool Nv.19	Tentacruel Nv.19
Nadadora	Goldeen Nv.18	Goldeen Nv.20	Seaking Nv.20
Nadador	Krabby Nv.23
Nadador	Qwilfish Nv.23
Nadadora	Horsea Nv.21	Horsea Nv.21
Nadadora	Staryu Nv.20	Starmie Nv.20
Nadadora	Psyduck Nv.20	Goldeen Nv.22
Nadador	Gyarados Nv.20	Gyarados Nv.20
Nadadora	Seel Nv.22

Ruta 41
Tentacool Nv. 10/25	Tentacruel Nv. 10/40	Shellder Nv. 20/40	Magikarp Nv. 10/20	Chinchou Nv. 20/40	Lanturn Nv. 40	Mantine Nv. 15/25

En Ciudad Orquídea te espera el Gimnasio Pokémon en el que conseguirás la 5a medalla, pero antes, dirígete hacia el norte de la isla. Allí verás a Suicune, tras lo que se marchará saltando sobre el agua. Ahora vendrá Eusine, que te preguntará por qué Suicune se aparece delante de tí y te retará a un combate. Cuando le ganes, se marchará.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Eusine	Drowzee Nv.25	Electrode Nv.27	Haunter Nv.25

Ciudad Orquídea
Tentacool Nv. 10/25	Tentacruel Nv. 15/25	Krabby Nv. 10/40	Kingler Nv. 40	Magikarp Nv. 10/20	Corsola Nv. 20/40

Dirígete ahora a una de las casas del sur de la isla y conseguirás la Poción Secreta para curar al Pokémon del Faro. Esa casa es también una tienda, así que podrás comprar algunos objetos para curar a tus Pokémon. También podrás conseguir un Shuckle en otra de las casas, siempre que tengas 5 o menos Pokémon en el equipo. Ahora, dirígete al Gimnasio Pokémon, a la izquierda.

En el Gimnasio de Ciudad Orquídea los entrenadores usarán Pokémon de Tipo Lucha, los cuales puedes vencer fácilmente usando Pokémon de tipos Veneno, Psíquico o Volador. El Líder estará delante de tí al entrar, pero para poder enfrentarte a él tendrás que quitarle la corriente de agua por encima pulsando los botones que hay al fondo del Gimnasio. 

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Karateka	Hitmonlee Nv.27
Karateka	Hitmonchan Nv.27
Karateka	Mankey Nv.23	Mankey Nv.23	Primeape Nv.25
Karateka	Machop Nv.25	Machoke Nv.25
Líder Aníbal	Primeape Nv.29	Poliwrath Nv.31

Cuando hayas vencido al Líder, recibirás la Medalla Tormenta, con la que podrás usar la MO Vuelo fuera de combate, además de la MT01 Puño Certero. Cuando salgas del gimnasio, vendrá la esposa del Líder, que te dará la MO02 Vuelo. Ahora, enseña Vuelo a uno de tus Pokémon para volver rápido a Ciudad Olivo.